II類生物安全柜（BSC）使用HEPA過濾，層流氣流，以操作者，環(huán)境和樣品的保護。出于無菌的目的，對于0.3微米大小的顆粒，HEPA過濾器的效率通常為99.99 +％。

典型的微生物程序通常利用本生燃燒器或其他明火來消毒和/或減少交叉污染; 但是，由于以下幾個原因，不建議在BSC內使用這種明火：

II類BSC 通過在機柜的工作區(qū)域上傳遞向下層流氣流（以恒定速度單向行進的空氣，沒有湍流）來維持樣品保護。熱空氣上升，因此任何明火都會使空氣上升到層流下降，產(chǎn)生湍流并阻礙BSC保護工作區(qū)域樣品的能力。

如果明火變得太熱，它還具有熔化粘合劑的能力，該粘合劑將HEPA過濾介質保持在其框架上。這破壞了HEPA過濾器的有效性，導致正壓通風系統(tǒng)中的安全殼損失。

如果火焰熄滅并且供氣閥保持打開，則可燃氣體將不受限制地引入機柜。在A2生物安全柜中，BSC中70％的空氣被再循環(huán)（見下面的視頻），可燃氣體的濃度可能達到性潛力，不僅對BSC，而且對用戶和實驗室構成嚴重風險它占據(jù)了。

美國疾病控制和預防中心（CDC）和國家衛(wèi)生院（NIH）也在出版物中闡述了這一點：微生物和生物醫(yī)學實驗室的生物安全，第5版。，（BMBL 5th）。

在BSC中工作時，可以采取一些措施來減少材料交叉污染的可能性。打開的管子或瓶子不應垂直放置。使用培養(yǎng)皿和組織培養(yǎng)板的人員應將蓋子保持在開放的無菌表面上方，以大限度地減少向下空氣的直接沖擊。不應將瓶蓋或管帽放在毛巾上。物品應盡快重新蓋上或蓋好。 在生物安全柜的近乎無微生物的環(huán)境中不需要明火。在開放式工作臺上，燃燒培養(yǎng)容器的頸部將產(chǎn)生向上的氣流，防止微生物落入管或燒瓶中。然而，BSC中的明火產(chǎn)生湍流，破壞了供應到工作表面的HEPA過濾空氣的模式。當認為必要時，可以使用配備有指示燈以按需火焰的觸摸板微型燃燒器。工作完成后必須關閉燃燒器。小型電動“爐”可用于凈化細菌環(huán)和針，并且優(yōu)于BSC內的明火。應盡可能使用一次性或可回收的無菌環(huán)。

如上面CDC所述，如果認為需要火焰，那么廣泛使用的設備類型是本生燈的更安全的品。其中一些采用低調的踏板減弱火焰; 其他人檢測運動。